KEGG
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) - zbiór dostępnych w Internecie bioinformatycznych baz danych, które zawierają informacje nt. genomów i genów, szlaków metabolicznych (reakcji chemicznych i enzymów) i metabolitów. Znajdują się one w osobnych sieciach: białkowej, genetycznej i biochemicznej.
Spis treści |
Informacje podstawowe [edytuj]
KEGG została zapoczątkowana przez japoński program ludzkiego genomu (Laboratorium Kanehisa w Instytucie Badań Chemicznych) w 1995 r.[1]. Jej twórcy uważają KEGG za komputerowe odzwierciedlenie układu biologicznego[2]. Baza danych KEGG ma wiele zastosowań: modelowanie, symulacja, przeglądanie i pobieranie danych.
Bazy danych [edytuj]
KEGG zawiera w sobie 5 baz danych:
- KEGG Atlas
- KEGG BRITE
- KEGG Genes
- KEGG Ligand - zawiera informacje o związkach i reakcjach chemicznych, które biorą udział w zachodzących w komórce procesach; składa się z następujących części:
- Compound
- Drug
- Glycan
- Reaction
- RPAIR (Reactant pair alignments)
- Enzyme
- KEGG Pathway – zawiera informacje na temat sieci komórkowych interakcji molekularnych i ich wariantów charakterystycznych dla konkretnych organizmów; jej części to:
- Metabolism
- Genetic Information Processing
- Environmental Information Processing
- Cellular Processes
- Human Diseases
- Drug development
Zobacz też [edytuj]
Comparative Toxicogenomics Database - CTD łączy ze sobą KEGG pathways z genetycznymi danymi dotyczącymi toksykologii i chorób od nich zależnych.
Przypisy
- ↑ Minoru Kanehisa. A database for post-genome analysis. „Trends in Genetics”. 13 (9), s. 375-376, wrzesień 1997. doi:10.1016/S0168-9525(97)01223-7. ISSN 0168-9525.
- ↑ Kanehisa M., Goto S., Hattori M., Aoki-Kinoshita KF., Itoh M., Kawashima S., Katayama T., Araki M., Hirakawa M. From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG.. „Nucleic Acids Res”. Jan 1;34. Database issue, s. D354-7, 2005. doi:10.1093/nar/gkj102. PMID 16381885.
