ANDES empezó en 1995 como una organización voluntaria trabajando en proyectos de desarrollo y conservación con comunidades indígenas cerca de Cusco, Perú.  Basado en ideas de participación en flora internacional, el equipo de ANDES tenía como objetivo trabajar para la conservación in-situ de cultivos andinos como la papa nativa. Se establecieron conexiones con varias comunidades indígenas quienes dependían de la papa para su sustento, y también con un investigador de la universidad con especialidad en variedades de papa.  El primer financiamiento internacional que recibió ANDES se enfocaba en biodiversidad y desarrollo y el establecimiento de redes de pueblos indígenas.  Por lo tanto, los contactos y conexiones internacionales desde el inicio fueron de importancia para el trabajo futuro.

Combinado con su interés en recursos biológicos y el conocimiento tradicional asociado, el equipo de ANDES quería conservar y promover la cultura, expresiones artísticas, idioma, y cosmovisión andina.  Eso llevó a la integración de estos temas en programas holísticos de conservación de la diversidad de recursos biológicos y culturales junto con el alivio de la pobreza. Estos contenidos se vinculaban a las necesidades y deseos de las comunidades indígenas donde ANDES empezó a trabajar con estos proyectos.  Las comunidades indígenas influenciaron la dirección de futuro proyectos también.  ANDES contrató unos técnicos comunales y esto contribuyó mucho para ganar la confianza y cooperación dentro y entre comunidades, y en decidir la dirección futura. Por ejemplo, la repatriación  de variedades de papa nativa del Centro Internacional de la Papa avanzó por el gran interés entre las comunidades en recuperar sus derechos sobre sus recursos.

A través de la amalgamación de los varios temas de trabajo, la cooperación y contribución de un grupo de seis comunidades cerca de Pisac, y con la influencia por la participación en flora internacional sobre conservación y derechos indígenas, la idea original de conservación in-situ evolucionó, y llego a ser un plan de crear una área de conservación manejado por comunidades para la protección del patrimonio biocultural de comunidades indígenas.  La primera de estas áreas, el Parque de la Papa, ya está operando y otras están en varias fases de implementación.