Para baixar um arquivo do seu repositório, você pode usar a API para usuário ou migrações da organização. Para obter mais informações, confira "Migrações".
Depois de ter baixado seu arquivo, você pode copiá-lo para um disco rígido externo e/ou carregá-lo em um backup baseado em nuvem ou o serviço de armazenamento, como o Armazenamento de Blobs do Azure, o Google Drive ou o Dropbox.
Ferramentas de backup de terceiros
Existem várias ferramentas de autoatendimento que automatizam backups de repositórios. Ao contrário de projetos arquivados, que arquivam todos os repositórios públicos no GitHub que não tenham se recusado a tornar os dados acessíveis para todos, as ferramentas de backup baixarão dos dados de repositórios específicos e os organizarão em um novo branch ou diretório. Para obter mais informações sobre projetos de arquivamento, confira "Sobre o arquivamento de conteúdo e de dados no GitHub". Para obter mais informações sobre as ferramentas de backup de autoatendimento, confira a categoria Utilitários de backup no GitHub Marketplace.