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Prenez une molécule organique. Elle a une formule chimique, sa forme propre… Ses atomes sont agencés d'une certaine manière. Prenez à présent une autre molécule de même formule, mais agencez les atomes autrement. Bien que ses constituants de base soient les mêmes, la nouvelle molécule a d'autres propriétés. On parle alors de molécules isomères.
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