Ova medresa prestavlja srednju vjersku školu ili islamsku gimnaziju, koja svojim polaznicima, u duhu islamskih propisa, daje odgoj, vjersko i opšte obrazovanje i sprema ih za nastavak školovanja na islamskim i drugim fakultetima u zemlji i inostranstvu. Školovanje u Medresi traje četiri godine. Gazi Isa-begova medresa je internatskog tipa i djeluje kao jedinstvena škola sa muškim i ženskim odjeljenjima.

Radimo na razvijanju osobina produktivne islamske ličnosti učenika, koji će biti u stanju da ostvaruje funkcije imama, hatiba i muallima i uopšte uloge islamskog radnika ili radnika na nekom drugom polju koji će raditi za prosperitet muslimana na ovom prostoru.

Cilj Medrese je da odgaja i obrazuje učenike u duhu islama, razvija u njima ljubav prema islamu i da’wetskom pozivu i da osigura osnove za njihovo dalje samoobrazovanje i upućivanje u raznovrsne oblike vjerskog života i rada Islamske zajednice