1. Факультет руководящего медицинского состава
2. Факультет подготовки врачей для Сухопутных, Ракетных и Воздушно-десантных войск
3. Факультет подготовки врачей для Воздушно-космических сил
4. Факультет подготовки врачей для Военно-морского флота
5. Факультет подготовки военно-медицинских специалистов иностранных армий
6. Факультет (повышения квалификации и профессиональной переподготовки)
7. Факультет подготовки и усовершенствования гражданских медицинских (фармацевтических) специалистов
8. Факультет среднего профессионального образования