Организационная структура Академии определяется штатом в порядке, установленном Министерством обороны Российской Федерации.

Федеральное государственное бюджетное военное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Военно-медицинская академия имени С.М.Кирова» Министерства обороны Российской Федерации имеет общую численность личного состава более 16 тыс. человек. В том числе в качестве структурных подразделений академии содержатся: Военный институт (физической культуры) и Научно-исследовательский испытательный институт (военной медицины).

Академия состоит из управления, основных подразделений и подразделений обеспечения.

На территории академии размещены памятники работы известных мастеров (А.И. Штакеншнейдера, Д.И. Иенсена, М.К. Аникушина и др.): «Военным медикам, павшим в войнах», «Курсантам и слушателям Сталинградского курса Военно-морской медицинской академии в ознаменование 30-летия Великой победы на Волге», знаменитым ученым-медикам Я.В. Виллие, Н.И. Пирогову и С.П. Боткину. Перед фасадом главного здания академии установлена бронзовая фигура богини здоровья Гигиеи. В клиниках и на кафедрах установлены бюсты И.М. Балинского, Е.И. Богдановского, Н.Н. Зинина, Н.И. Пирогова, М.М. Руднева, С.П. Федорова. На фасадах зданий клиник и кафедр укреплены 29 мраморных досок, посвященных знаменитым ученым, работавшим в академии и составляющих ее честь и славу. Имена профессоров, преподавателей, курсантов, слушателей и других сотрудников академии, не вернувшихся полей Великой Отечественной и других войн, увековечены на мемориальных досках в зале главного здания академии.

Подтверждением признания Академии как учреждения мирового значения стало присвоение звания Почетного члена Военно-Медицинской академии более 300 выдающимся ученым в области естествознания и медицины России и зарубежных стран, а также крупным государственным деятелям.

Военно-Медицинская академия стояла у истоков Академии медицинских наук, созданной в декабре 1944 г. Авторитет Военно-медицинской академии создали ее профессора, врачи и педагоги, многие из которых стали основателями знаменитых научных школ. Среди них Н.И. Пирогов, создавший школу военно-полевых хирургов, С.П. Боткин – основатель школы военно-полевых терапевтов, И.М. Сеченов и И.П. Павлов основали школу русских физиологов, И.М. Аринкин основал школу гематологии, Е.Н. Павловский – школу паразитологов и инфекционистов, Н.П. Симановский – школу отоларингологии, биофизики – В.В. Петров (первый российский электротехник), В.М. Бехтерев – неврологии и психоневрологии, К.М. Фигурнов – военных гинекологов, В.А. Хилько – нейрохирургии.

Указом Президента Российской Федерации от 17 декабря 1998 года №1595 академия включена в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации.