Организационная структура Федерального государственного бюджетного военного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Военно-медицинская академия имени С.М. Кирова» определяется штатом в порядке, установленном Министерством обороны Российской Федерации. Общая численность личного состава более 16 тыс. человек.

1 сентября 2015 года в структуру  академии был включен Филиал Федерального государственного бюджетного военного образовательного учреждения высшего образования «Военно-медицинская академия имени С.М. Кирова» Министерства обороны Российской Федерации, созданный на фондах Института усовершенствования врачей МУНКЦ имени П.В. Мандрыка.