Военная академия войсковой противовоздушной обороны Вооруженных Сил Российской Федерации имени Маршала Советского Союза А.М. Василевского cформирована в 1992 году на основании Распоряжения Президента Российской Федерации №146-РП от 31 марта на базе Смоленского высшего инженерного училища радиоэлектроники войск ПВО Сухопутных войск.
Распоряжением Правительства Российской Федерации от 11 мая 2007 года №593-р Военной академии войсковой противовоздушной обороны Вооруженных Сил Российской Федерации присвоено почетное наименование «имени Маршала Советского Союза А.М. Василевского».
С 1 сентября 2005 года академия распахнула свои аудитории для студентов факультет радиотехники и информационных технологий – одно из структурных подразделений академии по подготовке квалифицированных гражданских специалистов инженерного профиля на внебюджетной основе.
Академия носит имя Маршала Советского Союза Александра Михайловича Василевского - в годы Великой Отечественной войны заместителя начальника Генерального штаба Красной Армии, начальника Оперативного управления, начальника Генерального штаба Красной Армии и одновременно заместителя Народного комиссара обороны СССР.
Маршал Василевский по поручению ставки участвовал в разработке многих важнейших стратегических планов, был одним из творцов и исполнителей плана наступательной операции под Сталинградом, координировал действия нескольких фронтов в Курской битве, Белорусской и Восточно-Прусской наступательных операциях. Под его руководством в августе-сентябре 1945 г. была успешно проведена стратегическая операция по разгрому японской Квантунской армии.
Дважды Герой Советского Союза, дважды награжден высшим военным орденом Победы, многими орденами и медалями, почетным оружием.
В период с февраля 1978 г. и до распада СССР почетное наименование «имени Маршала Советского Союза А.М. Василевского» носила Военная академия противовоздушной обороны Сухопутных войск (г. Киев).
История академии ПВО берет свое начало с формирования в 1939 году в Москве факультета зенитной артиллерии при Военной артиллерийской академии РККА имени Ф.Э. Дзержинского, который послужил основой для образования филиала Военной артиллерийской академии ПВО СВ в городе Киеве. В дальнейшем по мере усложнения задач, стоящих перед Сухопутными войсками, и насыщения их новой техникой и оружием филиал в городе Киеве в 1977 году был преобразован в Военную академию ПВО СВ.
В условиях распада СССР в 1992 году, в соответствии с распоряжением Президента Российской Федерации от 31 марта 1992 года №146-РП, на базе Смоленского высшего инженерного училища радиоэлектроники войск ПВО была образована Военная академия войсковой противовоздушной обороны Вооруженных Сил Российской Федерации, которая аккумулировала в своем составе научно-педагогические кадры и учебно-материальную базу Полтавского, Киевского, Смоленского, Санкт-Петербургского, Оренбургского зенитных ракетных училищ и 39 ЦНИИ. 1 сентября 1992 года состоялось торжественное открытие Военной академии.
В мае 2004 года Приказом №69 главнокомандующего Сухопутными войсками – заместителем Министра обороны Российской Федерации была установлена дата годового праздника вуза – 20 мая. Дата была выбрана не случайно. Именно в этот день в 1939 году при Военной артиллерийской академии РККА имени Ф.Э. Дзержинского был создан зенитный факультет для подготовки руководящего состава войсковой ПВО.
Распоряжением Правительства Российской Федерации от 11 мая 2007 года №593-р Военной академии войсковой противовоздушной обороны Вооруженных Сил Российской Федерации присвоено почетное наименование «имени Маршала Советского Союза А.М. Василевского».
1 марта 2008 года в соответствии с Указом Президента РФ №1422 от 18 декабря 2006 года «О боевом знамени части» Военной академии были вручены Боевое знамя и Грамота Президента РФ к нему от 29 декабря 2007 года.
В соответствии с решением, принятым Министром обороны Российской Федерации в 2013 году, академия осталась самостоятельным вузом в существующем статусе, в её состав вошел научно-исследовательский центр, ставший правопреемником 39 ЦНИИ.
Начальники академии:
- генерал-полковник В.К. Чертков (1992–2003 гг);
- генерал-полковник Н.А. Фролов (2003–2005 гг);
- генерал-лейтенант А.Д. Гаврилов (2005–2009гг);
- полковник А.Н. Давыдов (2009–2013 гг).
В июне 2013 года начальником Военной академии войсковой противовоздушной обороны Вооруженных Сил Российской Федерации имени Маршала Советского Союза А.М. Василевского назначен полковник Ерёмин Глеб Владимирович.