18 октября 1937 года на основании Постановления Совета Народных Комиссаров о расширении сети военно-морских учебных заведений была издана Директива о формировании 3-го Военно-морского училища РККА. К концу января 1938 года были подготовлены к приему курсантов три этажа южной части учебного корпуса, вступили в строй столовая, санчасть, типография, телефонный коммутатор, сформирована кадровая команда. Командно-преподавательский состав был набран из наиболее подготовленных командиров ТОФ.

История училища неразрывно связана с эпохой становления военно-морского образования в России. Основу первого набора училища в 1937-1938 годах составили курсанты ВМУ им. Фрунзе. 30 января 1938 года после окончания 1-го семестра 329 курсантов-первокурсников училища имени М.В. Фрунзе из Ленинграда специальным поездом прибыли во Владивосток.

Первые годы истории ТОВВМУ тесно связаны с личностью Николая Герасимовича Кузнецова – Адмирала Флота Советского Союза, Героя Советского Союза, который был одним из инициаторов создания военно-морского училища во Владивостоке.

5 мая 1939 года 3-е ВМУ переименовано в Тихоокеанское военно-морское училище.

Первый выпуск обучавшихся на курсах ускоренной подготовки командного состава состоялся в марте 1940 года, когда на флот убыло 97 лейтенантов, младших лейтенантов и воентехников.

В соответствии с Постановлением Совета Народных Комиссаров от 5мая 1940 года, приказом народного комиссара ВМФ 10 июня 1940 года училище переведено в разряд высших и стало называться ТОВВМУ. 3 февраля - 18 марта 1941 г. в училище проведены первые государственные экзамены.

В годы Великой Отечественной войны ТОВВМУ выполняло особую роль в подготовке кадров для Военно-Морского Флота, как единственное военно-морское училище, не оказавшееся в зоне боевых действий.

1 мая 1944 года, училищу, как символ воинской доблести и мужества было вручено Знамя части.

21 апреля 1954 года указом Президиума Верховного Совета СССР, в связи с пятидесятилетием со дня гибели выдающегося русского флотоводца и талантливого ученого вице-адмирала Степана Осиповича Макарова, Тихоокеанскому высшему военно-морскому училищу было присвоено его имя.

Первоначально в училище были созданы три факультета - штурманский, артиллерийский и минно-торпедный. Артиллерийский факультет в 1959 году был упразднен.

В августе 1969 года открыт факультет радиоэлектроники, в 1978 году – факультет связи, в 1984 году – факультет гидроакустики.

6 июня 1994 года создан береговой факультет, 22 мая 1995 года в штат училища включена учебная батарея береговых ракетных комплексов. 10 мая 1997 года создан учебный аэродром.

В 1998 году, согласно Закону Российской Федерации о высшем и послевузовском образовании, все ВУЗы Министерства обороны Российской Федерации получили новый статус и ТОВВМУ было преобразовано в Тихоокеанский военно-морской институт имени С.О.Макарова.

С сентября 2003 года в Тихоокеанском военно-морском институте производится подготовка мичманов и прапорщиков для Военно-Морского Флота страны.

17 декабря  2003 года институт награждён переходящим кубком «Лучшему военно-морскому учебному заведению».

В соответствии с распоряжением Правительства Российской  Федерации от 11 ноября 2009 года № 1695–р, директивой Министра обороны РФ от 29 января 2010 года  № Д– 6дсп «Об организационных мероприятиях, проводимых в военно-учебных заведениях Министерства обороны Российской Федерации в 2010 году» и указаниями Генерального штаба Вооружённых Сил от 17 февраля 2010 года № 314/10 502, ТОВМИ им. С.О.Макарова именуется как «Федеральное государственное казенное военное образовательное учреждение высшего профессионального образования» Военный учебно-научный центр Военно-Морского Флота «Военно-Морская  академия имени Адмирала Флота Советского Союза
Н.Г. Кузнецова» (филиал, г. Владивосток).

В 2012 году, после двухлетнего перерыва, возобновлены наборы курсантов.

Постановлением Правительства Российской Федерации с 08 августа 2014 года училищу возвращено историческое название – Тихоокеанское высшее военно-морское училище имени С.О. Макарова.

9 мая 2015 года, впервые в истории ТОВВМУ имени С.О.Макарова, курсанты училища приняли участие в военном параде, посвящённом 70-годовщине Победы в Великой Отечественной войне, в городе Москве.

В настоящее время в училище действуют факультеты: Кораблевождения и минно-торпедного вооружения; Средней военно-специальной подготовки; Профессиональной переподготовки и повышения квалификации.

За историю училища было произведено 73 выпуска. 14 июня 2014 года состоялся единственный в истории училища выпуск военнослужащих-женщин.

В стенах прославленного учебного заведения подготовлено более 18 тысяч офицеров, из которых более 240 стали адмиралами. 16 выпускников и сотрудников училища получили звания Героя Советского Союза и России.

С 1970-х годов наши выпускники занимают важнейшие командные должности на Флоте.

Трое из них стали Главнокомандующими ВМФ России (Адмирал Флота Громов Феликс Николаевич (1992-1997), Адмирал Флота Куроедов Владимир Иванович (1997-2005), Адмирал Чирков Виктор Викторович (2012 -2016).

В настоящее время ТОВВМУ имени С.О.Макарова – одна из основных баз военно-морского образования, обеспечивающая кадрами флот России, известная высоким качеством военной и профессиональной подготовки, подготовившая тысячи морских офицеров, одно из лучших военно-морских вузов России.