Федеральное государственное казенное общеобразовательное учреждение «Севастопольское президентское кадетское училище» создано распоряжением Президента Российской Федерации от 20 марта 2014 года №74-рп и распоряжением Правительства Российской Федерации от 6 июня 2014 года №972-р после принятия Декларации о независимости Автономной Республики Крым и города Севастополя 11 марта 2014 года, проведения Референдума о статусе Крыма 16 марта 2014 года, по результатам которого Республика Крым и город Севастополь 18 марта 2014 года были приняты в состав Российской Федерации.

20 марта 2014 года Министр обороны Российской Федерации С.К. Шойгу обратился к Президенту Российской Федерации В.В. Путину с предложением о создании в городе Севастополе президентского кадетского училища. Глава государства поддержал это предложение и принял решение о создании училища с целью подготовки несовершеннолетних обучающихся граждан к государственной службе.

Приказом статс-секретаря – заместителя Министра обороны Российской Федерации — первым начальником училища назначен контр-адмирал  Михайлов Виталий Николаевич.

В соответствии с приказом статс-секретаря — заместителя Министра Обороны Российской Федерации генерала армии Панкова Н.А. №448 от 16 июля 2015 года, на должность начальника ФГКОУ «Севастопольское президентское кадетское училище» назначен капитан 1 ранга Пискайкин Владимир Владимирович.

Первого сентября 2014 года командующий Черноморским флотом адмирал А.В. Витко на основании приказа Министра обороны Российской Федерации от 28 августа 2014 года № 623 вручил Знамя училища на торжественной церемонии.