В первой половине 1950-х годов одно из ведущих мест в освоении новой по тому времени электронно-вычислительной техники занял Военно-Морской Флот. Постановлением Совета Министров СССР в 1955 году был создан Вычислительный центр ВМФ. По мере усложнения задач, в связи с необычайно мощным развитием Военно-Морского Флота и его системы управления, в марте 1961 года Вычислительный центр был преобразован в 24-й Научно-исследовательский институт. Его главными задачами стали проведение исследований в области автоматизации процессов управления на различных уровнях. В институте получило развитие направление, занимающееся исследованием морских операций с помощью математических моделей и разработкой методов применения средств вычислительной техники в интересах решения стратегических и оперативно-стратегических задач.

При достижении военно-стратегического паритета в середине 1970-х годов остро обозначилась новая проблема, требующая обоснования развития ВМФ как единой сбалансированной боевой системы.

В 1983 году институт занял лидирующую позицию в ВМФ по проведению системных оперативно-стратегических исследований в области развития ВМФ, автоматизации процессов управления и разработки специального математического обеспечения корабельных и береговых АСУ.

В 1989 году 24 НИИ ВМФ присвоен статус Центрального НИИ Министерства обороны (24 ЦНИИ МО РФ).

Совершенствование систем управления потребовало объединения под единым командованием всех научных подразделений ВМФ, занимающихся проблемами управления силами, связи и освещения обстановки. В 1998 году структурными подразделениями 24 ЦНИИ МО РФ стали 14 и 34 НИИ ВМФ.

Основными направлениями деятельности НИИ (оперативно-стратегических исследований строительства ВМФ) ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия» являются обоснование перспектив развития и строительства ВМФ, создание единого информационно-управляющего пространства; обоснование перспектив развития радиоэлектронного вооружения ВМФ и системы формирования информационных ресурсов, а также обоснование перспектив развития и применения телекоммуникационных технологий, комплексов, систем, средств связи ВМФ.

В институте, его научно-исследовательских центрах, накоплен мощный научный потенциал и сформирован коллектив учёных, в который входят: 35 докторов наук, из них 26 имеют ученое звание профессор; 167 кандидатов наук, 136 имеют ученые звания старшего научного сотрудника или доцента; 1 лауреат Государственной премии; 6 Заслуженных деятелей науки и техники.

Институт выполняет более ста научно-исследовательских работ, несколько десятков оперативных научных заданий Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации, Главного командования ВМФ, других центральных органов военного управления.