MediaWiki ble opprinnelig skrevet for Wikipedia av den tyske studenten og Wikipedia-utvikleren Magnus Manske. Leksikonet brukte tidligere det mer primitive programmet UseModWiki («fase 1»). Den engelske utgaven skiftet til Manskes nye program («fase 2») den 25. januar2002. Denne dagen er gjennom et dekret fra Jimmy Wales i Wikipediasamfunnet kjent som «Magnus Manske-dagen».
En omskrevet og forbedret versjon av fase 2-programvaren ble på et tidspunkt kjent som «fase 3». Programmet ble gitt navnet MediaWiki i erkjennelse av at programmet kunne brukes også av andre prosjekter enn Wikipedia, og at et mer meningsfullt system for versjonsnumre var nødvendig.