Zakład Antropologii posiada bogatą i liczną kolekcję zbiorów osteologicznych, które przejął od zlikwidowanego Instytutu Nauk Antropologicznych w Warszawie, a także pozyskał w trakcie swojej 50-letniej działalności w ramach współpracy z instytucjami archeologicznymi. Zdecydowana większość zbiorów pochodzi z terenu Polski (szczególnie Dolnego Śląska), natomiast mniej liczne serie pochodzą z Ukrainy, Afryki i Azji. Zbiory osteologiczne datowane są od epoki neolitu po XIX wiek, najliczniejsze są materiały kostne ze średniowiecza. Zbiory osteologiczne liczą obecnie około 2300 czaszek i około 1100 szkieletów postkranialnych. Wartość zbiorów osteologicznych doceniła również Fundacja na rzecz Nauki Polskiej, przyznając w 2005 r. na wniosek Zakładu subwencję na modernizację pomieszczeń magazynowych i konserwację zbiorów w ramach Programu BIOS.