למעלה משנה היתה צריכה לחלוף מאז הפלישה [של ברית המועצות] כדי שהמנגנון של המפלגה [הקומוניסטית] ירגיש עצמו מספיק בטוח לבטל את החלטת הגינוי מאוגוסט 1968 ולהכריז על הפלישה כמוצדקת. בימים האחרונים של ספטמבר עבר המנגנון להתקפה על כל היסודות המסכנים אותו ולהחזרת שליטתו במפלגה ובכל המוסדות והאירגונים החשובים. בישיבת הוועד המרכזי בין ה-25 וה-27 בספטמבר מתקבלת החלטה לפיה "כניסת כוחות בעלי הברית לצ'כוסלובקיה, במצב כפי שהיה בקיץ 1968, הודרכה על ידי שיקולים של האינטרסים של הגנת הסוציאליזם בצ'כוסלובקיה נגד כוחות הימין... בשום פנים לא היה כאן מעשה תוקפנות נגד העם, תפיסת הטריטוריה הצ'כוסלובקית, ביטול החופש או המערכת הסוציאליסטית". הסעיף הארוך ביותר בהחלטה כולל התקפה חריפה על הקונגרס ה-14 של המפלגה, שנערך בסוף אוגוסט, בעת הכיבוש, באופן חשאי, במפעלי ס.ק.ד. שליד פראג.
באותה הזדמנות מתחילה מערכה לטיהור המפלגה בכל הדרגים. בין היתר מוצא סמרקובסקי מן הוועד המרכזי ודובצ'ק מנשיאות הוועד. טיהורים נרחבים נערכים בממשלה, במוסדות החינוך והתרבות ובאיגודים המקצועיים. האלמנטים הנובוטנים והניאו-נובוטנים חודרים ותופסים את כל עמדות השלטון והפיקוח. אולם המנגנון ניצב בפני קשיים גדולים, ובראשם ההתנגדות הפסיבית אליו, הן בתוך המפלגה והן באוכלוסייה. באמצע אוקטובר מתאונן [נשיא צ'כוסלובקיה] הוסאק על כך ש"אחדים אצלנו אינם רוצים לקבל תפקידים גבוהים. הם אינם רוצים ללכלך את ידיהם. ישנם אנשים הנמלטים כאשר המצב קשה ונתקפים פחד. עלינו לגמור עם כל אלה, בעלי תפקידים גבוהים ופחות גבוהים, אשר אינם רוצים להיאבק".
יחד עם זאת מחמיר המצב הכלכלי , לא רק משום שנזנחו כל התוכניות לתקן את העיוותים בכלכלה הצ'כוסלובקית, אלא גם בשל הדמוראליזציה וההתנגדות הפסיבית של העובדים. בנאומו מבטא הוסאק מצב זה באומרו כי התפוקה הלאומית "יכלה לגדול ב-20% לו כובדו שעות העבודה".
