À la mort de son père Moulay Chérif, il se révolte contre son frère Moulay Mohammed, alors chef du Tafilalet. Il réussit à le tuer puis à prendre sa place en tant que souverain alaouite contrôlant un vaste territoire. Il s'empare ensuite de Fès le , se proclame sultan et devient le premier sultan alaouite du Maroc.
Il installe son frère, le futur sultan Ismaïl ben Chérif comme khalifa (délégué du sultan) à Fès et part renforcer son pouvoir au sud. Il détruit la zaouïa de Dila, s'empare de Marrakech, puis chasse le chef de la zaouïa d'Illigh du Souss. Jusqu'à sa mort en 1672, Moulay Rachid reconstruit un pouvoir central au Maroc et est considéré comme le véritable fondateur de la dynastie alaouite. Son frère Moulay Ismaïl lui succède à la tête du pays.
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