Suite à l’annonce le 3 février 2012 de la labellisation du projet A*MIDEX porté par Aix-Marseille Université avec 7 partenaires du site (CNRS, Inserm, CEA, IRD, Centrale Marseille, Sciences Po Aix et l'AP-HM), l’Etat a accordé une dotation de 750 millions d’euros à cet IdEX.
Cette dotation non consommable, placée par l'Etat en Obligations Assimilables du Trésor à un taux fixe de 3,413%, génèrera un peu plus de 25 millions d’euros d'intérêts par an et ce depuis le 1er mars 2012. A l'issue d'une période probatoire d'une durée de 4 ans (1er mars 2012 - 29 février 2016), une évaluation des résultats d'A*MIDEX sera menée. En fonction des conclusions, cette dotation de 750 M€ pourra être dévolue définitivement à l'université d'Aix-Marseille. Cette réussite est le résultat de la très forte mobilisation de la communauté scientifique et de la dynamique impulsée par la fusion.
Aix-Marseille Université a obtenu des résultats remarquables lors des deux vagues successives de sélection pour le Grand Emprunt :
Bilan global : 58 projets retenus, 31 en 1ère vague et 27 en seconde vague.